Das Museum macht seine Sammlung nach und nach auf der online-Enzyklopädie Wikipedia für die Forschung und Vermittlung zugänglich, beispielsweise die «Lengnauer Mappot», eine Sammlung von 218 Torawimpeln, die sich über fast drei Jahrhunderte erstreckt und damit eine der grössten zusammenhängenden Sammlungen einer bekannten Gemeinschaft darstellt.
Die ersten Gegenstände, die im Jüdischen Museum der Schweiz gezeigt wurden, stammen aus der Judaica-Sammlung des Schweizerischen Museums für Volkskunde (jetzt Museum der Kulturen Basel). In den folgenden Jahren wurde die Sammlung durch Objekte aus Basel und der Region Oberrhein, aus den beiden Surbtaler Judendörfern Endingen und Lengnau sowie aus der übrigen Schweiz und Europa erweitert.
Als historisch einzigartig gelten die monumentalen mittelalterlichen Grabsteine und die Basler hebräischen Drucke. Dokumente zu den Basler Zionistenkongressen und Originalbriefe von Theodor Herzl, des Autors von «Der Judenstaat», zeigen Basel als Stadt, die Weltpolitik gemacht hat.