Le musée rend peu à peu sa collection accessible sur Wikipedia, l’encyclopédie en ligne, à l’intention de la recherche et de la diffusion, ainsi les «mappot de Lengnau», une collection de 218 bandes de tissu de la Torah, qui s’étend sur presque trois siècles et représente l’une des plus grandes collections cohésives d’une communauté connue.
Les premiers objets qui ont été montrés au Musée juif de Suisse viennent de la collection de judaïca du Musée suisse des arts et traditions populaires (aujourd’hui Musée des cultures de Bâle). Au cours des années qui suivirent, la collection a été enrichie d’objets venant de Bâle et de la région du Rhin Supérieur, des deux villages juifs du Surbtal, Endingen et Lengnau, ainsi que du reste de la Suisse et de l’Europe.
Les pierres tombales monumentales qui datent du Moyen Âge, de même que les éditions hébraïques bâloises, sont considérées comme historiquement exceptionnelles. Les documents sur les congrès sionistes de Bâle et les lettres originales de Theodor Herzl, l’auteur de «L’État juif», montrent Bâle comme une ville qui a joué un rôle dans la politique mondiale.